El nuevo titular del Conacyt también ha tenido una intensa vida como catedrático en la Universidad de Guanajuato. En 1991 fue nombrado como Rector de dicha Universidad y gracias a su liderazgo, se concretó la Autonomía de esa casa de estudios en 1994; en reconocimiento a su labor, la comunidad universitaria lo designó como el primer Rector, en el marco de la nueva Ley Orgánica.
Asimismo, ha ocupado diversos cargos en un número importante de instituciones: fue miembro de la Junta Directiva del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt); de la Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (ANUIES); la Organización Universitaria Interamericana (OUI); la Unión de Universidades de América Latina (UDUAL); el Colegio de Educación, Ciencia y Tecnología del Estado de
Guanajuato (CECyTEG); el Centro Interuniversitario del Conocimiento de Guanajuato; la Comisión Estatal para la Planeación de la Educación Superior (COEPES); y la institución Desarrollo Educativo de Guanajuato A.C., entre otras.
Como parte de estas tareas, Juan Carlos Romero Hicks ha colaborado de igual manera en diversos centros de investigación como el centro de Investigación en Matemática (CIMAT); el Centro de Investigación en Óptica (CIO); Centro de Investigación y Asistencia Tecnológica en Cuero y Calzado (CIATEC); Educación Superior e Investigación del Estado de Guanajuato A.C.; el Colegio Nacional de Ciencia y Tecnología; Centro de Educación, Capacitación, Experimentación y Asistencia Técnica Agropecuaria de León (AGROEDUCA); Instituto de Cultura del Estado de Guanajuato, entre otras más.
Su carrera política se inició en 1998 al ingresar a las filas del Partido Acción Nacional.
Fue miembro Honorario del Comité Directivo del estado de Guanajuato y miembro del Consejo Estatal de la entidad. De 2000 a 2006 se desempeñó como gobernador de Guanajuato y posteriormente se incorporó al equipo de transición del Presidente Felipe Calderón como coordinador del foro Igualdad de oportunidades del Proyecto 20-30
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